No Club Penguin existem alguns elementos escondidos. Diferentes de "bugs", eles são colocados no jogo propositalmente pelos administradores. Existem vários tipos de elementos segredos: no Catálogo de Roupas e no Catálogo de Esportes; nos minigames do jogo e nas salas do jogo.
No catálogo de roupas, para descobri-los, tem-se que clicar nos itens que são exibidos para compra. Uma brincadeira do Club é que, em todo catálogo, um dos itens para compra sempre esconde o capacete Viking vermelho e, ao se clicar neste item três vezes, aparece o capacete Viking azul (Gift Shop).
Alguns itens também podem ser usados de forma combinada com um game. Na Winter Sports, por exemplo, clicando-se na prancha de surf com flores do catálogo, então na concha e depois na estrela do mar, aparece a opção de comprar uma prancha de surf prateada que, ao ser utilizada no game Cathin' Waves, dá maior velocidade e melhores manobras ao pingüim. Entrar no game Ice Fishing com a vara de pescar luminosa (adquirida na loja de Esportes) fará com que apareçam mais peixes.
Há muito tempo comentava-se sobre a possível existência de Ninjas no Club Penguin, pingüins com poderes especiais, capazes de fazer coisas que os outros pingüins não poderiam. Não se sabe se isto é verdade ou não, mas em Novembro de 2008 surgiu um Sensei (Mestre) misterioso na ilha para transmitir conhecimentos ninjas para aqueles que o encontrarem no Dojo e, em um jogo de cartas, venceram os demais diversas vezes no Desafio Ninja.
